和农村宅基地三权分置的提出，使得人们对农村宅基地权利的拥有更加迫切，从而对农村宅基地确权工作带来压力，不动产登记往往是处理权属纠纷的依据而显得更加重要。笔者认为，作为宅基地的“物权”登记需从“实物”和“权利”两个方面考量：从具体的“实物”的角度来看，主要对宅基地房屋合法建造事实的认定；从“权利”的角度分析，主要从宅基地保障权利及其人身专属性来考虑。只有把握这两方面的内容，才能确保宅基地使用权及其房屋所有权登记正确性。
1、区分不动产登记与宅基地建设许可的关系
把握宅基地房屋合法建造事实，应厘清宅基地从审批到验收的建设过程，区分宅基地建设许可与不动产登记的关系。不动产登记属于行政确认行为，是指不动产登记机构对行政申请人的法律事实等进行甄别，然后予以确定、认可、证明并且宣告公示行为。而宅基地建设许可属于行政许可行为，是指管理部门根据法律、法规等规定对申请人权利进行限制性管理，由申请人获得建房的受益资格。前者重在核实，后者重在批准。
宅基地建设许可与不动产登记均是典型的可诉具体行政行为，但二者也有明显的区别。根据《不动产登记暂行条例实施细则》规定，宅基地首次登记时，应提交有批准权的人民政府批准的权属来源材料、房屋符合规划许可的材料。这些宅基地建设审批的许可材料，就是不动产登记审核中的原因文件材料，不动产登记机构根据这些材料对不动产房屋进行权利确认核实并且予以公示。
综上分析，根据《物权法》第三十条的规定，宅基地房屋因合法建造等事实行为设立物权，自事实行为成就时发生物权效力。合法建造这一事实行为中，只需宅基地房屋经批准许可且合法建造完成，这种非基于法律行为的事实行为，不以不动产登记为物权变动的依据。不动产登记只是因处分或对抗善意的第三人的需要，对合法建造这一事实行为予以确认。同样，在宅基地房屋登记错误需更正时，需宅基地、建设许可审批机关提供与登记簿记载不符的证明材料。
2、把握不同历史时期的相关规定
办理宅基地使用权及房屋所有权登记，除了掌握现行不动产法律法规与相关政策外，还应熟悉我国改革开放四十年来各历史时期的宅基地规定。
（1）1982年国务院《村镇建房用地管理条例》规定了宅基地使用面积审批标准，农村社员建房需要宅基地的，需要生产大队审核后报乡公社批准；离休、退休、退职职工和军人以及定居华侨，也可据其回乡居住需要申请审批宅基地；同时也规定集镇内非农业户建房需要用地的，提出申请由管理集镇的机构与有关生产队协商，经批准也可享受宅基地。由于法律不溯及既往，在这之前建房的，均应认可其为合法建造房屋。
（2）1987年《土地管理法》规定，城镇非农业户口居民建住宅，需要使用集体所有的土地的，经县级人民政府批准可使用土地建设房屋。
（3）1998年全国人大常委会对1987年《土地管理法》中宅基地的建设批准作出修改，明确农村村民一户只能拥有一处宅基地，同时规定农村村民住宅用地经乡（镇）人民政府审核，由县级人民政府批准。删除1987年《土地管理法》中城镇非农业户口居民建住宅的规定。1999年国务院办公厅《关于加强土地转让管理严禁土地炒卖的通知》及2004年原国土资源部《关于加强农村宅基地管理的意见》明确规定，严禁城镇居民在农村购置宅基地，严禁为城镇居民在农村购买和违法建造的住宅发放土地使用证和房产证。
为做好农村宅基地的确权登记，原国土资源部《关于进一步加快宅基地和集体建设用地确权登记发证有关问题的通知》规定：分阶段依法处理宅基地超面积问题。通过以上分析，判断宅基地房屋合法建造这一事实行为，建造年代确认是认定房屋合法建造的关键因素。
1、宅基地是保障性权利
《土地管理法》第六十二条的规定，农村村民一户只有一处宅基地，而且规定了宅基地享受面积的上限，即不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。因而，宅基地权不是奢侈权，而是关系农民最基本的生存安居问题，是每户农民的福利性基本住房保障权利。大批农民要求返回农村，即便是集体经济组织成员的，若其曾享受过宅基地、城镇住房公有制度改革、政府双倍住房公积金补偿或城镇住房补贴等住房类保障性权利，其仍然不能再次享受宅基地保障权。
2、宅基地的人身专属性
宅基地是人身权，反映在只有本集体经济组织成员才是享受本集体宅基地资格的主体。在宅基地登记中，需要认定宅基地的专属性，集体经济组织成员资格的判断标准是关键。一般认为，申请人是否具有房屋所在地的农业户口，或房屋所在地村委会对于其是否属于该村集体经济组织成员方面的意见，及本村委会联产承包责任制时历史记录等非常重要。由于国家层面对集体经济组织成员资格认定没有统一标准，故有些省制定地方性法规，明确集体经济组织成员资格需提交经村小组、村委、乡镇人民政府认可的证明材料。
3、宅基地使用权取得及登记簿记载
宅基地使用权的取得主要分为原始自建取得和转让继受取得。不动产登记时，原始自建取得主要通过查验审批许可的材料来认定是否为合法建造房屋；而转让继受取得需查看申请人特定的身份资格权。当然，在宅基地使用权转移登记中也存在如下两种特殊例外情形：一是《继承法》规定，因继承、遗赠产生农村房屋所有权转移的，不动产登记机构应给其办理相应不动产登记，在附记栏中记载集体经济组织成员的相应信息；二是《物权法》《民事诉讼法》规定，经人民法院裁判的生效法律文书，涉及宅基地使用权及房屋所有权物权变动的，申请人申请不动产登记，应给予办理不动产登记。
宅基地不动产登记簿的记载包括宅基地使用权记载和房屋所有权记载。有人认为，宅基地使用权是指享受宅基地的所有家庭成员，包括未成年子女等；而房屋所有权是指出资建造或购买等家庭成年成员。这必将造成权利主体不一致，与《物权法》规定的土地房屋的权利主体应一致相矛盾。笔者认为，《物权法》规定的土地房屋的权利主体一致，并不是说土地使用权人与房屋所有权人要完全一模一样，而是土地和房屋权利主体的权利之间不能有矛盾冲突。比如，某地的不动产登记条例中明确，将所有享受宅基地资格的使用权人均记载于不动产登记簿。对于宅基地使用权主体来说，所有家庭成员均享受宅基地使用权，包括未成年子女；对于房屋所有权主体来说，未成年子女虽然没有房屋所有权，但其有房屋居住权，居住权虽不记载于登记簿，但也能很好说明居住权与宅基地使用权之间的权利关系。因而，以上这些权利主体之间的权利关系显然是没有矛盾的。
